松倉勝家が領する
島原藩のある
肥前・
島原半島と
寺沢堅高が領する
唐津藩の飛地である
肥後・
天草諸島の農民をはじめとする諸領民が百姓の酷使や過重な
年貢負担に窮し、キリシタン迫害もあり、さらに
飢饉の被害も加わり両藩に対して反乱を起こした乱である。キリシタン(
カトリック信徒)の宗教戦争と
殉教物語として語られることも多いが、それらはあくまで一面でしかない。なお、ここでの百姓とは百姓身分のことであり貧窮零細農民だけではなく隷属民を擁した
農業、
漁業、
手工業、
商業など諸産業の大規模経営者をも包括して指している。さらに一揆には
有馬・
小西両氏の
浪人、更には元来の土着領主である
天草氏・
志岐氏の与党などが加わっていたことからも、一般的な「
鍬と
竹槍、筵旗」というイメージは正確ではない。
島原は元は
キリシタン大名である
有馬晴信の所領であり、領民のキリスト教への信仰も盛んな土地であった。
豊臣秀吉や徳川政権の時代に禁教政策がはじまると
慶長19年(
1614年)、有馬氏は
転封となり代わって
大和・
五条から
松倉重政が入部する。重政は徳川家臣団の中での地位の向上を図り、
江戸城改築の公儀普請役や彼が独自に計画した
ルソン遠征、さらには壮大な
島原城の新築のための過重な年貢の取立てに加えて、厳しいキリシタン弾圧を始める。年貢を納められない農民や、改宗を拒んだキリシタンに蓑を着せ火をつける「蓑踊り」や、水責め、雲仙岳の噴火口に投げ込むなどの残忍な
拷問、
処刑を行った事が、
オランダ商館員や
ポルトガル船長の記録に残っている。その弾圧の残酷さは反カトリックであったオランダ人すら辟易させるものであった。次代の
松倉勝家も重政の圧政を継承し、さらに過酷な取立てを行った。天草も島原同様キリシタン大名・
小西行長の土地で
関ヶ原の戦いの後に
寺沢広高が入部し、次代の
寺沢堅高の時代まで島原同様の圧政とキリシタン弾圧が行われた。
『細川家記』『天草島鏡』など同時代の記録はすべて反乱の原因を年貢の取りすぎにあると書いているが、領主・勝家は自らの失政を認めず、反乱を起こした一揆がキリシタン信仰を結束の核としていたことをもってこれを反抗的なキリシタンの暴動と主張した。幕府も以後、島原の乱をキリシタン弾圧の口実としたため「島原の乱=キリシタンの反乱(宗教戦争)」という一面的な見方が定着した。
過酷な取立てに耐えかねた島原の領民は、武士身分から百姓身分に転じて地域の指導的な立場に立っていた旧有馬氏の家臣の下に組織化(この組織化自体を一揆と呼ぶ)、密かに反乱計画を立てていた。肥後天草でも小西行長・
佐々成政・
加藤忠広の改易により大量に発生していた浪人を中心にして一揆が組織されていた。島原・天草の一揆の首謀者たちは湯島(談合島)において会談を行い、キリシタンの間で
カリスマ的な人気を得ていた当時16歳の少年
天草四郎(本名:益田四郎時貞、天草は旧来天草の領主だった豪族の名)を一揆軍の総大将とし決起することを決めた。寛永14年10月25日(1637年12月11日)、有馬村のキリシタンが中心となって代官所に強談に赴き
代官・
林兵左衛門を殺害、ここに島原の乱が勃発する。